Sở cảnh sát nhận được thông tin về một vụ nổ ở Viện vi sinh học Tokyo thuộc thành phố Tokyo Nishitama do một nhóm khủng bố mang tên Akai Shamu-Neko (Mèo Xiêm Đỏ), và có thể chúng đã lấy đi một loại virus vô cùng nguy hiểm. Trong khi đó, để truy bắt Kid, bác của Sonoko, Suzuki Jirokichi, đã sắp đặt một khí cầu lớn mang tên Bell 3, trên đó có chứa viên đá quý “Thiếu nữ bầu trời”. Nhóm Mouri Kogoro và Đội thám tử nhí cũng được mời tham gia chuyến bay đến Osaka này. Không may, toàn bộ con tàu đã bị bọn khủng bố đó khống chế, và đe dọa sẽ cho nổ cả con tàu nếu có ai manh động. Đồng thời, trên tàu đã có người bị trúng độc. Ran cũng có triệu chứng!? Shinichi xuất hiện… Conan cũng được Heiji cho biết cả Osaka đã biết về vụ việc, và đang trong tình trạng hoảng loạn, nhiều người đang lập tức di tản. Thời gian chỉ còn 6 tiếng! Cuộc đấu trí sống còn diễn ra từ đây. Conan và Kid liệu có liên thủ để chống lại Nguồncướp hay vẫn đối đầu nhau như trước đây. Và ý của Kid là gì khi nói với Conan: “Ta sẽ lấy đi thứ quý giá nhất của ngươi”? Tại sao Ran lại trong vòng tay của Kid!?